Finančná správy vznikla 1. januára 2012 zlúčením colnej správy a daňovej správy. Jej vzniku predchádzalo schválenie reformy colnej správy a daňovej správy s výhľadom zjednotenia výberu daní, cla a poistných odvodov prostredníctvom programu UNITAS, ktorý bol iniciovaný v roku 2008 prijatím uznesenia vlády SR č. 285/2008 Z. z. zo dňa 7. mája 2008 ku Koncepcii reformy daňovej a colnej správy s výhľadom zjednotenia výberu daní, cla a poistných odvodov.
Finančnú správu podľa zákona č. 333/2011 Z. z. tvoria Finančné riaditeľstvo SR, colné úrady, daňové úrady a Kriminálny úrad finančnej správy.