CHDÚ má zabezpečiť najmä ochranu neodoslaných dátových správ pred ich modifikáciou alebo zmazaním. Má taktiež zabezpečiť ukladanie iných dokladov (napr. predbežných účtov), ktorých odovzdanie zákazníkovi za prijatú tržbu je aj dnes v rozpore so zákonom, avšak niektorí podnikatelia tieto doklady zneužívajú a obchádzajú tak evidenciu tržieb. Má zabezpečiť, aby ak takéto doklady boli vydané, boli uložené a slúžili ako dôkazný prostriedok v konaní o uložení pokuty. Chránené dátové úložisko má minimalizovať možnosti vydávania „falošných“ dokladov a chrániť tak poctivých podnikateľov, ktorí si plnia svoje zákonné povinnosti.